За гады свайго існавання студэнцкі прафсаюз МДЭІ імя А. Д, Сахарава БДУ набыў дакладную структуру. Кіруе работай прафсаюзнай арганізацыі прафсаюзны камітэт, у які ўваходзяць: старшыня, намеснік старшыні, сакратар, 2 старшыні прафбюро двух факультэтаў (факультэта маніторынгу навакольнага асяроддзя і факультэта экалагічнай медыцыны), старшыні вучэбнай, жыллёва-бытавой камісіі, інфармацыйна-выдавецкага, культурна-масавага і спартыўна-аздараўленчых сектараў, а таксама казначэя.